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Durch die Ermittlung der Keimzahl wird die bakteriologische Beschaffenheit der Milch festgestellt. Die Keimzahl gibt Aufschluss über die Anzahl der Bakterien, Hefen und Schimmelsporen in der Rohmilch. Sie ist das Kriterium für die Hygiene bei der Milchgewinnung. Neben dem Zellgehalt und den Hemmstoffen ist die Keimzahl entscheidend für die Einstufung der angelieferten Milch und damit für den Auszahlungspreis, den der Milcherzeuger erhält.

Laut Milch-Güteverordnung muss der Keimgehalt der Anlieferungsmilch mindestens zweimal im Monat untersucht werden. Liegt der mittlere Keimzahlwert unter 100.000 Einheiten pro Milliliter, handelt es sich um Milch der Güteklasse 1.

Überschreitet der Keimzahlgehalt der Milch die 100.000 Einheit pro Milliliter, ist die Milch in die Güteklasse 2 einzustufen. In diesem Fall ist der Auszahlungspreis niedriger (um mindestens 2 Cent pro Kilogramm).

Molkereien haben die Möglichkeit, neben den Güteklassen 1 und 2 die Güteklasse „S“ einzuführen. In diesem Fall liegt der mittlere Keimzahlwert unter 50.000 pro Milliliter Milch.

Wird eine erhöhte Keimzahl festgestellt, d.h. wenn der geometrische Mittelwert (2-Monatsmittel) aus dem Abrechnungsmonat und dem Vormonat über einem Wert von 100.000 Einheiten pro Milliliter Milch liegt, kommt es zu Kürzungen beim Auszahlungspreis an die Milcherzeuger.